Serial Experiment Lain

Viene a sapere che un'altra Lain, del tutto simile a lei fisicamente ma caratterialmente opposta, ha fatto la sua apparizione sia nel Wired che nel mondo reale e che i Knights (cavalieri - un gruppo di hacker) sono particolarmente interessati a lei. Sembra infatti che Lain abbia da sempre una controparte nella rete, nata con la rete stessa. Nella ricerca della verità Lain scopre di non avere passato, che i suoi genitori non sono altro che attori e che il suo vero io è quello virtuale.
Attraverso il chip Psyche, Lain entra in contatto con il creatore della struttura del Wired, che dopo aver scaricato la sua coscienza nella rete informatica se ne è autoproclamato Dio; spinta dalle sue richieste, Lain inizia a far sì che la realtà reale e il Wired collidano e si fondano, connettendo tutti gli esseri umani del pianeta terra senza l'ausilio di periferiche attraverso il Protocollo 7 del Wired, che sfrutta la risonanza Schumann. Ma durante il processo si accorge, grazie alla sua unica amica umana Arisu, che la realtà e il Wired devono rimanere separati se non vuole provocare solo altro dolore.
Prende quindi la decisione di resettare il sistema riportando il mondo allo stato precedente alla morte di Chisa e cancellando sé stessa dalla memoria degli esseri umani per estirpare completamente l'anomalia.