L'esercito del nulla

Dopo l'alleanza tra la Green Phoenix e XANA, Aelita alla ricerca di XANA gli dice che lo aiuterà a diventare umano, ma se XANA disobbedisce Annibal Mago spegnerà il supercomputer, intrappolandolo. Odd e Yumi, dopo la grande battaglia combattuta a Kadic contro i robot, si infiltrarono, insieme al maggiore Steinback e agli uomini in nero nella fabbrica attraverso le fogne allagate. XANA decide di aiutare Aelita e gli altri senza farlo scoprire a Mago. i Lw e gli uomini in nero vogliono impossessarsi della fabbrica e dell'Hermitage ma ci sono troppi soldati della Green Phoenix. A XANA viene un'idea: materializzare i ragazzi nella fabbrica, ma mantenendo i poteri di Lyoko. Jeremie prova a rubare il dispositivo che permette ad Annibal di spegnere il supercomputer, così gli viene un'idea: Jeremie, con l'aiuto di Memory (che era svenuta di fronte al supercomputer quando il suo ciondolo si era illuminato dopo che Aelita lo aveva attivato), porta un cavo elettrico sul pavimento della stanza e fa svenire Grigory, che faceva la guardia, riuscendo anche a rubare il dispositivo per spegnere il supercomputer, che Grigory aveva appenapremuto. A mezzanotte i LW erano pronti per attaccare Annibal, ma Dido aveva un altro piano: se alle 00:30 Jeremie non le avrebbe detto che avevano vinto la Green Phoenix, Black Raven, un cacciabombardiere, avrebbe bombardato la fabbrica. Yumi e Odd inseguono Annibal sul tetto della fabbrica e Odd viene colpito da uno sparo, tornando nello scanner della fabbrica sano e salvo. Annibal prova a lasciare la fabbrica con un JetPack ma fallendo cade nella Senna. Jeremie è riuscito a mettere in guardia Dido di quello che è successo e ha fermato Black Raven.
Aelita aveva promesso di non attivare il codice di Down, ma doveva farlo perché se non l'avesse fatto gli uomini in nero avrebbero usato supercomputer e il castello come un'arma. Questi volevano inoltre cancellare la memoria a tutti, ma dopo che Aelita aveva attivato il Code Down Lyoko, Dido aveva deciso di non cancellare la memoria dei ragazzi. Durante una cena all'Hermitage Aelita e Jeremie annunciano di aver recuperato Lyoko e XANA, che si era materializzato nella stanza segreta nel seminterrato.