Il ritorno della Fenice

I LW e Richard si incontrano per discutere e decidono di esplorare la parte finale del Mirror, quella in cui Aelita non era ancora stata. Non sono consapevoli che XANA, diviso in due parti, sta controllando sia Odd che Eva Skinner.
Allo stesso tempo, Grigory Nictapolus racconta ad Hannibal Mago, il capo dell'organizzazione terroristica chiamata Green Phoenix, di aver localizzato il supercomputer di Hopper nella vecchia fabbrica. Senza ulteriori esitazioni, Hannibal Mago vola a Parigi con tutto il suo esercito e la sua segretaria personale Memory, una donna misteriosa con i capelli rossi.
Appena sbarcano, Hannibal e le sue truppe assumono il controllo della fabbrica, iniziando a lavorare sui loro schemi maligni. Gli uomini in nero, agenti governativi si servizi di Dido, vengono neutralizzati da Nictapolus.
Due LW vengono virtualizzati nel
Mirror: Odd (sotto il controllo di Xana) e Yumi. Purtroppo il resto del gruppo non è in grado di seguirli poiché il padre di Ulrich, Walter, si è rivelato essere stato agente per gli uomini in nero, ma gli era stata cancellata la memoria. È stato chiamato in azione da Dido e ha tagliato la corrente dall'Hermitage, rendendo inutilizzabile lo scanner nella sala segreta e bloccando l'accesso al mondo virtuale. Completato il suo compito, è stupefatto di incontare Jeremy, Aelita, Eva e Richard e soprattutto Ulrich.
Il gruppo ancora sulla Terra interroga il padre di Ulrich. Decidono poi di affrontare la professoressa Hertz, la cui identità segreta era stata scoperta.
Imvece Odd e Yumi stanno visitando il livello finale del Mirror scoprendo che che Hopper, aiutato dai suoi collaboratori, aveva costruito il supercomputer nella vecchia fabbrica. Tra questi collaboratori c'erano il maggiore Steinback (ovvero la professoressa Hertz), i genitori di Yumi e il padre di Odd, quello di Jeremy e quello di Ulrich. Tuttavia, Walter, il padre di Ulrich, li aveva traditi vendendoli al governo. Decidendo di cancellare tutte le tracce delle loro attività, la Hertz usò una macchina per strappare la memoria su Walter per fargli dimenticare dove si trovava la fabbrica. Poi aveva cancellato anche i ricordi degli Ishiyama, di Robert Della Robbia e di Michel Belpois.
Yumi e Odd scoprono anche che il supercomputer nella fabbrica genera tre mondi virtuali: Lyoko; la Prima Città, che Ulrich e Yumi avevano scoperto a Bruxelles; e lo Specchio, accessibile attraverso l'Hermitage. Inoltre, in realtà, Lyoko è un firewall messo in atto per isolare la Prima Città e l'arma mortale che contiene: il Castello. Un programma che consente all'utente di virtualizzare qualsiasi cosa dal mondo virtuale.
La Hertz finalmente accetta di aiutare. Per riparare lo scanner nell'Ermitage, danneggiato da Walter, chiama i genitori degli LW e restituisce i loro ricordi con la macchina per strappare la memoria. Walter decide di compensare il suo passato atto di tradimento.
La Hertz e Jeremy finalmente entrano in contatto con Dido per proporre un'alleanza contro la Green Phoenix. Dido, che vuole più di tutto impedire a Mago di utilizzare il Castello del Supercomputer come un'arma, accetta.
Nel Mirror, le cose diventano dure. Attraverso Odd, XANA scopre il passato di Hopper comprese le cose che aveva dimenticato: originariamente era stato un'intelligenza artificiale amichevole, il cui compito era di impedire a chiunque di usare il Castello nella Prima Città per scopi malvagi. Poi, Hopper aveva inviato Aelita sul mondo virtuale in modo che potesse diventare amica di Xana e insegnargli qualcosa sulle emozioni umane. In seguito però, XANA era stato infettato dal Castello. Aveva acquisito grande potere sul mondo virtuale, ma aveva perso le sue emozioni umane e la sua memoria come conseguenza.
Scosso da questa scoperta, XANA lascia il corpo di Odd e prende il suo aspetto. Yumi scopre poi che il loro nemico è tornato e fugge nelle profondità del Mirror.
Il gruppo di Jeremy, assistito dai genitori e dalla professoressa Hertz, va all'Ermitage e riparano lo scanner. Eva e Ulrich vengono mandati nella Prima Città per proteggere il Castello dalla Green Phoenix. Odd e Yumi vengono riportati sulla terra, mentre Aelita va a negoziare con Xana. XANA chiede ad Aelita com'era prima. Chiede alla ragazza di aiutarlo a diventare umano. Aelita spiega che non è possibile. XANA, infastidito, la lascia e scompare nei ricordi del Mirror.
Va a Lyoko per aprire il passaggio. Così trova Ulrich ed Eva nella Prima Città e permette alla metà di Xana che era stato con loro di tornare a Lyoko e riprendere il controllo del mondo virtuale. Così XANA contatta Mago e gli fa una proposta: Mago potrà usare il Castello per i propri piani, e in cambio, XANA chiede che Mago lo renda umano. Mago accetta, senza alcuna intenzione di mantenere la promessa.
La Green Phoenix prende una decisione piuttosto radicale. Prendono l'Eremitage e circondano il Kadic con delle barricate, tagliando le comunicazioni della scuola e impedendo a chiunque di entrare o uscire. I LW, Hertz ei loro genitori sono intrappolati. Gli uomini in nero sono chiamati al salvataggio.
Ma, prima che possano arrivare, XANA realizza un esercito di robot usando il Castello. I robot attaccano il Kadic. Gli studenti e i LW sopravvivono alla battaglia e fanno il campo nel dormitorio. Tagliando l'elettricità, privano i robot della loro fonte di energia, il che significa che non possono più ricaricare. L'esercito nemico deve fuggire ... Tuttavia hanno già saccheggiato l'ufficio della Hertz e hanno preso un file contenente parte del Codice Down, una delle misteriose invenzioni di Hopper che ha il potere di distruggere completamente i mondi virtuali ...