La città senza nome

Grigory Nictapolus, un uomo inquietante, accompagnato da due mastini sanguinari, dotato di armi, auto e apparecchiature per la sorveglianza remota, arriva in città. Installa microfoni e telecamere al collegio Kadic e nell'Hermitage.
Questo uomo pericoloso è stato inviato da Hannibal Mago, soprannominato "Il Mago", uomo molto astuto e desideroso di mettere le mani sul supercomputer. Indossa un dente dorato ed è il capo dell'organizzazione criminale Green Phoenix. La missione di Grigory è tenere d'occhio Aelita, Jeremi, Ulrich, Odd e Yumi per confermare l'esistenza del supercomputer di Franz Hopper.
Durante la sua missione, Grigory attacca prima il padre di Odd e poi i genitori di Yumi. Il modo in cui agisce è semplice. Dopo averli feriti e storditi, copia i loro ricordi su un dischetto con un guanto futuristico e poi lascia gli adulti confusi e disorientati e in parte amnesici.

Tuttavia, La Green Phoenix non sembra essere l'unica organizzazione interessata al supercomputer. A Washington, Dido, una donna ai piani alti in un'organizzazione governativa influente, ha sentito parlare dei diversi movimenti della Green Phoenix. Contatta, Il Mago, suo vecchio nemico, e lo scambio è tempestoso perché le due organizzazioni hanno il medesimo interese. Dido è formale e riaèpre il file riguardante Hopper dopo 10 anni di chiusura.

L'arrivo di Grigory, le sue indagini sull'Ermitage e le sue insospettiscono i LW che, indagando sul passato di Aelita, interrogarono la signora Hertz, che si rivela essere l'operatore di laboratorio di Waldo (Franz Hopper) nel tempo in cui insegnava al Kadic. È molto imbarazzata dalle domande e decide di affidare al preside un file riguardante "Schaeffer" (il vero cognome di Franz e Aelita), di nascosto dai LW. Gli eroi lo rubano e al suo interno, oltre a una moltitudine di codici, scoprono un indirizzo a Bruxelles. Quando Urich e Yumi vanno insieme nella città belga, incontrano un prototipo di Supercomputer, che genera un mondo virtuale diverso da Lyoko che ospita uno spettro del professor Hopper. Prima di poter approfondire la loro ricerca, i due adolescenti sono costretti a fuggire, minacciati dagli agenti dell'organizzazione di Dido, gli uomini vestiti di nero (o uomini in nero). Essi fuggono e tornano a Kadic.
Dido, informata dell'incidente, decide di contattare il suo agente in pensione, che si trova all'interno del Collegio Kadic.

Da parte sua, Aelita trova uno dei suoi ex compagni di classe: Richard Dupuis. Anche se sono passati venti anni decide di collaborare con gli eroi per spiegare un misterioso messaggio codificato ricevuto sul suo personal computer. L'opportunità per Aelita di saperne di più sul suo passato mentre viveva sula terra.

In seguito gli incubi di Aelita e gli attacchi di sonnambulismo la conducono una notte in una sala segreta nell'Ermitage all'interno del quale scopre una seconda stanza nascosta. In questa stanza scopre un'altra replica del Supercomputer che genera un altro mondo virtuale. All'interno, Aelita si trova di fronte a memorie lasciate dal padre. Apprende che anni fa, suo padre ha abbandonato il progetto Cartagine quando ha saputo che sarebbe stato sfruttato per scopi militari. Aiutato da un certo maggiore Steinback (in realtà la signora Hertz), trovò rifugio presso l'Hermitage con Aelita mentre la moglie Anthea fu rapita dal mago.
Aelita e Jeremi decidono di aspettare prima di finire l'esplorazione della replica.

Nel fratempo XANA, nel corpo di Eva Skinner, si avvicina al gruppo di eroi, ottenendo la loro fiducia. Dopo aver rubato il file riguardante Schaeffer da Jeremi e averlo consegnato all'ufficio del preside, seduce Odd e, avendolo convinto a venire a casa sua prende il controllo anche del suo corpo.
Il suo piano: distruggere l'umanità usando Odd ed Eva.