Il castello sotterraneo

Diversi mesi dopo averlo ucciso Xana si ristabilisce su Internet. Con meno potere e disorientato, vaga per qualche tempo sulla rete, poi possiede una giovane ragazza americana chiamata Eva Skinner. Prendendo il controllo totale del suo corpo, prende un aereo da San Francisco e si dirige a Kadic per uccidere i guerrieri lyoko.
Intanto Aelita perde la memoria. Decidendo di approfittare della loro ultima giornata di ferie ripercorrono la loro storia in un diario video, con l'obiettivo principale di ripristinare la memoria di Aelita.
È anche un'opportunità per esplorare un po 'più del misterioso Hermitage. Durante l'esplorazione della casa trovano una traccia di uno degli individui che hanno contribuito a costruire la villa. Prendendo urgentemente un TGV in Provenza, parlano con questo individuo e apprendono che Franz Hopper aveva creato una sala segreta nell'Hermitage. Ritornati nella regione parigina dopo molte avventure, raccolgono gli indizi che Franz ha lasciato e scoprono la stanza in questione.
Qui trovano una vecchia videocassetta che Franz ha lasciato come addio a sua figlia.
In essa Franz spiega di essere membro di un progetto segreto in Svizzera, Cartagine. Poi però decise di abbandonare il progetto con sua moglie Anthea poiché capirono che era dannoso per l'umanità. Dopo di ciò, gli uomini di Cartagine rapirono Anthea e ferirono gravemente la testa di Aelita, costringendo Franz a virtualizzarla su Lyoko con le conseguenze che conosciamo bene: la chiusura del Supercomputer da Hopper e la morte di XANA.
Alla fine del video Franz lascia due missioni per la figlia: uno è quello di disattivare XANA e il supercomputer. Il secondo è più complesso: trova Anthea Schaeffer, madre di Aelita.
Il giorno dopo, i guerrieri Lyoko si preparano a tornare a scuola senza sapere che Eva Skinner, posseduto da XANA, arriverà prossimamente al collegio.